Transcurridos seis meses desde los eventos de Metroid Prime, Samus Aran ha sido contratada por la Federación Galáctica para investigar la desaparición de un grupo de soldados en el planeta Aether y prestarles ayuda si es necesario. Samus acepta la misión, sin embargo al entrar en la atmósfera del planeta su nave es dañada por una tormenta eléctrica. Samus aterriza cerca de las últimas coordenadas de los soldados y comienza a explorar los alrededores para buscar supervivientes. No muy lejos del lugar de aterrizaje, cuando exploraba una caverna, encuentra un portal interdimensional.

El portal, al atravesarlo la hace aparecer en una cueva similar a la que se encontraba, pero con una atmósfera corrosiva y grandes cantidades de Phazon en sus paredes, además de una misteriosa figura que parecía estar absorbiendo el Phazon de aquel mismo lugar, pero al acercarse a la figura Samus se da cuenta de que es una versión oscura de ella misma: Samus Oscura. Ella en un intento de ponerse en guardia, Samus Oscura dispara y destruye el cristal que iluminaba la pequeña area de la caverna que no era afectado por la atmósfera corrosiva, haciendo que Samus quede envuelta en la oscuridad y en la atmósfera, dañándola seriamente y de manera progresiva , y mientras se intenta reincorporar, unas criaturas (Guardianes de la Horda) comienzan a atacar a Samus y luego la lanzan de regreso al portal, dimensional devolviéndola a la versión normal de la caverna pero como consecuencia aquellas criaturas habían robado la mayoría de mejoras del traje de Samus dejándola al mínimo de capacidad.